junio 28 | Almacenamiento de datos, Biomedicina, Destacado, Supercomputación | por CETA-CIEMAT | Sin Comentarios

El Centro Extremeño de Tecnologías Avanzadas (CETA-CIEMAT) inicia una colaboración con la Unidad de Oncología Molecular (UOM), perteneciente al Departamento de Investigación Básica del CIEMAT, con objeto de apoyar la investigación básica y clínica del carcinoma escamoso de cabeza y cuello. El principal objetivo será el desarrollo de métodos computacionales destinados a la detección de moléculas de ARN largo no codificante (o lncRNA, por sus siglas en inglés) que existen en este tipo de cáncer. Los recursos de supercomputación aportados por el CETA-CIEMAT permitirán el desarrollo de estos métodos así como acelerar los procesos de análisis de secuenciación masiva que son requeridos para llevar a cabo esta investigación.

Los lncRNAs son moléculas de ARN que se transcriben desde el genoma, pero que a diferencia de los ARN mensajeros o mRNAs (del inglés messenger RNAs), no se traducen en proteínas celulares. Por tanto, su función biológica es independiente de su capacidad de producir proteínas, que son las moléculas encargadas de llevar a cabo la mayor parte de las funciones celulares. Globalmente, la existencia de los lncRNAs y su importancia en procesos biológicos importantes como desarrollo embrionario, control de la expresión génica, o incluso patologías como el cáncer es indudable. Sin embargo, pocos son los lncRNAs cuya función es conocida (tales como HOTAIR, GAS5, MALAT1, PCA3, y otros), aunque pueden tener actividad oncogénica o supresora de tumores, lo que significa que la modulación mediante compuestos que puedan inhibir o activar pueden tener potencial terapéutico antitumoral. Dado que el genoma humano posee al menos 15.000 lncRNAs, es necesario profundizar en su estudio para poder desarrollar nuevas estrategias terapéuticas.

Los investigadores de la Línea de Investigación de Carcinoma Escamoso de Cabeza y Cuello de la UOM, están analizando datos de secuenciación masiva de ARN o RNA-seq de grandes consorcios internacionales (TCGA  o ICGC) con el objetivo de realizar un catálogo de lncRNAs importantes en pacientes de este carcinoma. Dichos análisis requieren de infraestructuras de supercomputación, apoyo informático y experiencia como las que el CETA-CIEMAT posee. Fruto de este proyecto se espera determinar el “lncRNA-oma” de este cáncer a corto plazo, y a medio plazo caracterizar la función biológica de algunos lncRNAs nuevos identificados de mayor relevancia, los cuales podrán ser objeto de investigación posterior para la búsqueda de nuevos tratamientos antitumorales. Las herramientas bioinformáticas que se desarrollen entre la Unidad de Oncología Molecular y el CETA-CIEMAT podrán ser aplicados a cualquier tipo de cáncer o patología para los que existan datos de RNA-seq, por lo que se espera extender los estudios a otros tipos de cáncer de interés dentro de la UOM.

El supercomputador CETA-CIEMAT es una instalación científica y tecnológica del CIEMAT dedicada al apoyo de los programas estatales y regionales que impulsan la investigación, el desarrollo tecnológico y la innovación, así como la colaboración en materia de I+D+i y de transferencia tecnológica entre organismos de investigación y sectores productivos de la sociedad. La creación del CETA-CIEMAT, sus instalaciones y equipamientos, fueron co-financiados por el Programa Operativo de Economía basada en el Conocimiento (POEC 2007-2013) del Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER).

Imágenes

• Imagen 1. lncRNAs específicos de cáncer de cabeza y cuello.
• Imagen 2. Instalaciones de CETA-CIEMAT.
• Imagen 3. Grupo de investigadores del CIEMAT en la Plaza de Trujillo (Cáceres), sede de CETA-CIEMAT. De izquierda a derecha:  José Miguel Franco Valiente, Abel Francisco Paz Gallardo, Alfonso Pardo Díaz, Pelayo González de Lena Rodríguez, Ramón García Escudero, y Guillermo Díaz Herrero.

Entradas relacionadas

« Una empresa del sector porcino apuesta por la investigación sanitaria en la región Acuerdo de colaboración entre iQtra Medicina Avanzada y el CCMIJU »